Niektóre pionowe pompy elektryczne zaprojektowano do użycia na pontonach. Pompy pontonowe posiadają te same funkcje i zalety, co pompy pionowe. Pompy elektryczne montowane na pontonie pozwalają na rozpoczęcie transportu lub mieszania w różnych obszarach na szerokim stawie. A przede wszystkim umożliwiają transport cieczy z powierzchni zbiornika lub laguny, niezbędnej do zasilania systemu spłukiwania lub systemu płukania.